O Setor de Educação tem como missão promover, articular, animar e organizar processos e ações pastorais no mundo da educação com a finalidade de anunciar, testemunhar e seguir Jesus Cristo, constituindo-se em sinal do Reino de Deus, e contribuindo na promoção de seres humanos fraternos, livres, justos, conscientes, responsáveis e éticos.

Para cumprir esta missão, o Setor Educação busca animar a ação missionária no campo da educação por meio de encontros, da articulação e da formação de educadores. O Setor tem a responsabilidade de elaborar subsídios formativos sobre temas relacionados à Pastoral da Educação, acompanhar as escolas gerenciadas por instituições católicas, estimular o acompanhamento das políticas públicas de educação e a participação nas instâncias municipal, estadual e federal.